Nem irodalmi alkotásnak számító önéletírását is már több (1898, 1976, 2003) alkalommal kiadták nyomtatásban Magyarországon. A mű több tudományterület (művelődéstörténet, egyháztörténet, irodalomtörténet, orvostörténet... stb.) számára is első rangú forrás.
Gyermekkorától 1617-ig latinul vezetett naplójában Szenci Molnár Albert egy-egy év eseményeit néha csak pár tőmondatban közli, viszont éppen a vallási kérdésekkel kapcsolatos feljegyzéseinél találunk „hosszabb" elbeszélő részeket. Szenci élete és írása a reformáció helvét irányzatát követő magyar és svájci reformátusok közötti kapcsolatépítés történetében fontos szerepet játszik. 1596-ban találkozott Genfben Théodore de Bèzeval (1519 -1605), aki Kálvin János utódjaként a város lelki vezetője és az ottani akadémia első rektora volt. Találkozásuk leírása a Kálvinra való emlékezés szempontjából is jelentős forrásként értékelhető. Théodore de Bèze egy magyar ember előtt mondja sírva a reformátor képmására mutatva: „Ő lett Krisztusban az atyám".
Szenci ugyanebben az évben Itáliában is járt, bár nagyon sok városban megfordult, de hosszabban csak a loretói élményeit közölte. Az erről szóló leírásában egyszerre megtaláljuk a református ember véleményét: „itt a bálványimádók és a szenthely miatt ide zarándoklók nagy tömegét láttam", és humanista gondolkodóként, az epigráfia iránti lelkesedését. A Napló kiemelkedő forrásként szolgál a protestáns felekezetek egymás közti, sokszor nem éppen békés viszonyára. Szenci Molnár Albert közli a fürstenwaldi templom szószékére írt feliratot: „Ki Kálvin tanait hordozza szívében, tudja meg, hogy e szószék tiltott
hely számára."
Az önéletírás 1617-ben zárult - az utolsó bejegyzés 1617. május 12-én történt -, abban az évben, amikor a Német-Római Birodalom protestáns fejedelemségeiben a reformáció kezdetének száz éves jubileumát ünnepelték, és Szencit a heiderbergi egyházi tanács az oppenheimi iskola rektorának nevezte ki.
szöveg, fotó: Millisits Máté